La coordination et la communication des partenaires se fait à l’occasion d’un congrès annuel de deux jours, où sont organisées des conférences de très haut niveau par trois ou quatre personnalités étrangères choisies pour leur compétence et leur vision stratégique du monde des maladies infectieuses, par quatre ou cinq conférences des principaux investigateurs d’Infectiopôle Sud, et à une séance de communication libre.
Il est demandé à chaque étudiant en thèse, chaque post-doc d’Infectiopôle Sud de présenter à cette occasion un poster de son travail.
La ville qui accueille ce congrès change chaque année, mais se trouve toujours sur le littoral méditerranéen, entre Montpellier et Nice.
L’animation scientifique interrégionale du pôle a permis la réalisation des premières journées de l’Infectiopôle en 2008 à Nice, qui ont été un très grand succès, plus de cent personnes ont assisté à cette réunion qui a permis réellement de commencer un démarrage des interrelations entre les trois villes du sud et avec le système de santé.
En 2009 « Les Journées de l’Infectiopôle Sud » se sont déroulées à Marseille en partenariat avec EUROBIOMED, premier cluster inter régional en santé couvrant les régions Provence Alpes Côte d’Azur et Languedoc Roussillon.
En 2010 « Les Journées de l’Infectiopôle Sud » ont eu lieu à la Faculté de Médecine de Montpellier.
En 2011 « Les Journées de l’Infectiopôle Sud » ont eu lieu à Nice
En 2012 « Les Journées de l’Infectiopôle Sud » auront lieu au Conseil Régional de Marseille.